Az Opus Dei Prelatúra a Katolikus Egyház általános szabályzata, az Ut sit kezdetű apostoli konstitúció és saját belső szabályzata (vagy a sajátosan az Opus Deire alkalmazható kánonjogi szabályok) alapján működik. Az 1983-as Kánonjogi Kódex a 294-297. kánonokban foglalja magában azokat az alapvető rendelkezéseket, amelyek a személyi prelatúrákra vonatkoznak.
A kormányzati hatalmat a prelátus mint főpásztor (ordinarius proprius) és az őt képviselő vikáriusok gyakorolják. A Prelatúra papjai teljesen a Prelátustól függenek. Ő határozza meg pasztorális feladatköreiket, amelyek végrehajtása során a papok szorosan követik azon egyházmegyék pasztorális útmutatásait, amelyekben élnek. A Prelatúra a felelős saját papjainak pénzügyi támogatásáért. A világi hívek a Prelátustól függnek minden olyan kérdésben, amely a Prelatúra sajátos küldetését érinti. Emellett a többi állampolgárhoz hasonlóan a polgári hatóságok, a többi világi katolikus hívőhöz hasonlóan pedig az egyházi hatóságok igazgatása alatt állnak.
A Prelatúrában a kormányzás testületi jellegű. A Prelátus és vikáriusai munkájukat mindig a többségében világi férfiakból és nőkből álló tanácsok segítségével végzik. A nők tanácsát Központi Tanácsadó Testületnek, a férfiak tanácsát Általános Tanácsnak hívják, mindkettő székhelye Rómában van.
A Prelatúra általános kongresszusait nyolcévenként tartják meg. Ezeken azon országok képviseltetik magukat, amelyekben az Opus Dei jelen van. Ezeken a kongresszusokon a Prelatúra munkáját tanulmányozzák, és a következő időszak pasztorális tevékenységére vonatkozó határozatokat fogadnak el, melyeket előterjesztenek Prelátusnak. A kongresszus alatt a Prelátus új tanácsokat nevez ki.
A Prelatúra régióknak nevezett térségekre, illetve területekre van felosztva. Minden régió élén – melyek határai nem mindig esnek egybe az egyes országok határaival – egy területi vikárius és két tanács áll, a nők Regionális Tanácsadó Testülete és a férfiak Regionális Bizottsága. Az egyes régiók esetenként delegációkra vannak felosztva. Saját területükön belül a delegációknak hasonló kormányzati szervezetük van: a delegáció vikáriusával és a két tanáccsal. Végezetül helyi szinten az Opus Dei központok találhatók, amelyek külön női, illetve férfi központok. Ezeknek a feladata megszervezni az egyes területeken a Prelatúrához tartozó hívek számára a képzést és a pasztorális gondoskodást. Minden központot egy helyi tanács irányít, amelynek tagjai az igazgató − egy világi férfi vagy nő, aki a tanácsot vezeti − és az Opus Deinek legalább két másik híve. Az egyes központokhoz tartozó hívek lelkipásztori gondozását a Prelátus által a saját presbitériumából kijelölt papok látják el.
A prelátusi tisztség kivételével nincs olyan kormányzati feladat, amit élethossziglan töltenek be.
"Az Opus Dei irányításában a prelátussal együttműködik a nők részéről a központi tanácsadó testület és a férfiak részéről az általános tanács. Mindkét szerv székhelye Rómában van."
A Prelatúrához tartozó hívek saját személyes és családi szükségleteikről mindennapi munkájuk révén gondoskodnak. Az Opus Dei tagjai és munkatársai saját életszükségleteiken túl hozzájárulnak a Prelatúra pasztorális munkája költségeinek biztosításához. Ezek a költségek lényegében a Prelatúra papjainak képzéséhez, a Prelatúra hivatalának (Curia), valamint a régiók és delegációk hivatalainak működéséhez kapcsolódnak, valamint ide tartoznak a Prelatúra által nyújtott adományok is. Természetesen az Opus Dei tagjai helyi egyházukat, illetve egyházközségeiket is támogatják.
A Prelatúra nem avatkozik bele a hozzá tartozó laikus hívek evilági életet illető kérdéseibe, mert küldetése kizárólagosan lelki természetű. Minden tagja teljes személyes szabadsággal és felelősséggel jár el tetteiben. Az Opus Dei tagjainak személyes döntéseit ezért a Prelatúra nem tekinti saját döntéseinek. A szervezet szabályzata leszögezi, hogy a Prelátúrához tartozók szakmai, társadalmi, politikai tevékenységeik során − a hitre és erkölcsre vonatkozó katolikus tanítás keretein belül − ugyanolyan teljes szabadsággal rendelkeznek, mint minden más katolikus állampolgár. Ilyen ügyekben a Prelatúra tisztségviselőinek teljes mértékben el kell kerülniük még a tanácsadást is.